In De Bilt werd een gemiddelde temperatuur van 15,5 °C. Normaal is dit 15,2 °C, waardoor juni 2004 aan de warme kant verliep.
Na een koele en wisselvallige start volgde van 6 tot en met 9 juni een warm, zomers tijdvak. Op 7 juni werd in De Bilt met 26,6 °C de eerste zomerse dag (maximumtemperatuur tenminste 25,0 °C) van het jaar genoteerd. In totaal werden er drie zomerse dagen geteld. Op 8 juni werd in het zuiden op veel plaatsen de tropische grens van 30,0 °C overschreden. De landelijk hoogste temperatuur in juni werd deze dag gemeten in Volkel en Ell: 30,9 °C. Na deze warme fase volgde een lang tijdvak met vrij koel en licht wisselvallige weersomstandigheden. Het meest spraakmakend was deze maand een actieve depressie die op 23 juni een voor zomerse begrippen hevige storm veroorzaakte. Aan de kust kwamen zeer zware windstoten voor tot 28 m/s (101 km/uur). In IJmuiden werd een hoogste gemiddelde windsnelheid gemeten van 22 m/s (9 Beaufort). Ook op 24 juni was het nog lang onstuimig. Aan het eind van de maand bleef het wisselvallig maar wel met hogere temperaturen.
Gemiddeld over het land viel met 67 mm neerslag vrijwel de normale hoeveelheid van 71 mm. De meeste regen viel in de tweede helft van de maand. Met name de passage van de zomerstorm ging gepaard met veel neerslag; landelijk viel op 23 juni 15 mm. In Lelystad kwam die dag 42 mm in de regenmeter terecht. Ook op 2 en 12 juni viel lokaal meer dan 30 mm neerslag uit zware buien. De maandsommen neerslag waren grillig verdeeld over het land. Van de KNMI-stations was Lelystad het natst met 113 mm. Op de stations Volkel en Ell werd het minst afgetapt: 38 mm. In De Bilt werd 69 mm geregistreerd tegen 72 mm normaal.
Landelijk gemiddeld scheen de zon 190 uren zon tegen een langjarig gemiddelde van 192 uren. Het zonnigst was juni in het zuidwestelijk kustgebied met in Vlissingen 231 uren zon. Het minst was de zon te zien in het oosten van het land. Van de KNMI-stations was de vliegbasis Twenthe het somberst met 161 zonuren. In De Bilt werden 173 zonuren geregistreerd tegen 187 uren normaal.